En lengua Chibcha significa Padre Bueno, según Acosta Ortegón, palabra formada de pa, apócope de paba, padre y cho, bueno. Los primitivos pobladores de Pacho fueron los Chibchas, cuyos Uzaques tenían el encargo de vigilar la frontera con las colonias. El pueblo aborigen estaba en el sitio hoy llamado Boca de Monte, de donde se transladó por causa de un incendio.
El nuevo pueblo indio fue fundado por auto del oidor Lorencio de Terrones de 25 de agosto de 1604 en el sitio de cusata. Trasladado por el oidor Gabriel de Carvajal por auto de 19 de octubre de 1638. En 1710 se trasladó al sitio de San Antonio hacia la margen izquierda de río Rute, pero el caserío se incendió y la colonia se trasladó más arriba hacia el punto hoy llamado Barrio Nariño.
En 1778 se adjudicó la reconstrucción de la iglesia a Francisco González. El actual pueblo se formó a raíz del incendio, en el sitio que hoy ocupa donde se trasladó en 1807, año en que fue erigido en municipio. El doctor Juan Gómez fue cura de Pacho de 1807 a 1852. Pacho es la cuna de la Industria Siderúrgica Colombiana, el precursor fue Sir Robert Henry Bunch Woodside, quien trajo al país numerosos mineros, figuran Benjamín Wiesner, actualmente Jacobo Wiesner, continuado por Enrique Corradine.
El nombre de Pacho fue inscrito en el movimiento de los comuneros por un contingente de 400 hombres organizado allí el 25 de mayo de 1781 bajo el mando del capitán Javier Florido. Durante la revolución de 1876 en Pacho se formó una guerrilla comandada por Martiniano Rodríguez, Alejandro Bustos, Rugerio Coronado y Rafael Forero que el 22 de abril de 1872 por los lados de La Palma (Cundinamarca) combatió contra una tropa Gobiernista a la que derrotó.
En la guerra de los Mil Días una guerrilla liberal al mando de Cornelio Correa; Leovigildo Hernández y Pedro Sánchez se tomó a Pacho y posesionada de la hacienda del General Cornelio Correa allí se reorganizó en tres escuadrones que a órdenes de los Generales Ramón Neira y Soler Martínez marcharon a Chiquinquirá para unirse a las tropas del General Uribe Uribe.
En Pacho existe el árbol nativo,llamado «Pino Romeron» es el único pino nativo de Colombia. Su corteza es escamosa, de color grisaseo o pardo amarillento. Su copa es grande e irregular, de hojas alternas y espiradas. Sus frutos son cónicos y de color verde. Crece hasta 25 mts de altura desde los 2500 m.s.n.m en adelante se encuentra en las riveras de quebradas y se ha utilizado para protección de cuencas hidrográficas. Su madera es aprovechada para carpintería, construcciones, ebanistería, postes, y tableros enchapados. También esta la Odontoglossum crispum ( Crespo Odontoglossum ) Flor nativa del Municipio, es una epífita de orquídeas del género Odontoglossum . Se considera por muchos como la más bella orquídea de todas, pero es también una de las más difíciles de cultivar
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